fix (hum) removal of duplicates

benchmarks/3d_large/Falcon/CreateFullInitialMesh.geo

@@ -18,7 +18,7 @@ Merge "tmp.msh";
 Mesh.SwitchElementTags = 0;
 Merge "InitialMeshFalcon.msh";
 
-Geometry.Tolerance = 1.e-4;
+Geometry.Tolerance = 1.e-5;
 Coherence Mesh;
 
 Mesh.SaveAll = 1;

benchmarks/3d_large/Falcon/InitialMeshFalcon.msh

@@ -743,8 +743,8 @@ $Nodes
 738 -0.273161 0.017105 0.272342
 739 -0.233129 0.08120719999999999 0.350555
 740 -0.164868 0.0494173 0.272313
-741 -0.06998799999999999 0.07787040000000001 0.272227
-742 0.00104594 0.09915549999999999 0.272187
+741 -0.06998799999999999 0.07787040000000001 0.272342
+742 0.00104594 0.09915549999999999 0.272342
 743 0.0553018 0.115142 0.2723
 744 0.119528 0.221855 0.348722
 745 0.133685 0.263429 0.332269
@@ -1262,7 +1262,7 @@ $Nodes
 1257 0.205668 0.286511 0.281919
 1258 0.237202 0.285397 0.272548
 1259 0.205098 0.291762 0.272203
-1260 0.171649 0.298844 0.27212
+1260 0.171649 0.298844 0.272342
 1261 0.132881 0.307302 0.2723
 1262 0.177883 0.235472 0.331261
 1263 0.151606 0.223799 0.340852
@@ -1289,7 +1289,7 @@ $Nodes
 1284 0.227665 0.200924 0.317313
 1285 0.253594 0.248996 0.311173
 1286 0.227316 0.224417 0.323105
-1287 0.268981 0.279466 0.272882
+1287 0.268981 0.279466 0.272342
 1288 0.287666 0.263089 0.29276
 1289 0.295151 0.256603 0.299652
 1290 0.326047 0.245258 0.30104